São Francisco de Goiás teve a sua origem por volta do ano de 1740, no ano em que começou a aglomeração de moradores que mais tarde se tornaria cidade.
Os bandeirantes desempenharam papel importante no povoamento de Goiás. Os primeiros núcleos ou povoações surgiram, em nosso Estado, graças à mineração. Foram fundados por Bartolomeu Bueno da Silva, sendo o primeiro deles o Arraial da Barra que, mais tarde, recebeu o nome de Buenolândia, hoje um distrito do município de Goiás. Em 1722, Bartolomeu Bueno deu início ao Arraial de Santana que, em 1739, se transformou em Vila Boa de Goiás e, mais tarde, na Cidade de Goiás.
A notícia da descoberta do ouro em Goiás se espalhou rapidamente, atraindo o interesse de muitos aventureiros, principalmente das capitanias de Minas Gerais e Bahia, povoando assim a nossa terra.
Muitos arraiais foram surgindo em torno de Santana, pelas margens dos córregos e dos rios, onde iram sendo encontradas as minas de ouro, como as de Ferreiro, Ouro Fino, Arraial das Antas e Santa Rita. Outro núcleo de povoamento importante na época, chegando mesmo a competir com Santana, foi o Arraial da Meia Ponte, hoje Pirenópolis, fundado por Manoel Rodrigues Tomás.
Pelos caminhos que ligavam Vila Boa de Goiás com Minas Gerais e Bahia, foram surgindo outras povoações, como os arraiais de: Jaraguá ou Córrego de Jaraguá; Corumbá, hoje Corumbá de Goiás; Arraial do Rio Claro, hoje Iporá; Santa Luzia, hoje Luziânia, e São Francisco das Chagas, hoje São Francisco de Goiás.
Em direção às fronteiras com a Bahia surgiram os seguintes núcleos de população: São José do Alto Tocantins, hoje Niquelândia; Traíras; Flores de Goiás; Arraias; Natividade; Chapada; Conceição; Moquém; Carmo; São Domingos e São José do Rio Duro, hoje Dianópolis.
Na época em que o Brasil era colônia de Portugal, Goiás pertencia à Capitania de São Paulo. Em 1744 foi criada oficialmente a Capitania Geral de Goiás - as terras de Goiás haviam sido desmembradas das terras de São Paulo. A capital da Capitania passou a ser Vila Boa, e o primeiro governante, D. Marcos de Noronha - o Conde dos Arcos.
A história registra que a bandeira de Manoel Rodrigues Tomaz, bandeirante fundador de Pirenópolis e Jaraguá, guarda-mor das jazidas auríferas do Rio das Almas, tendo a necessidade de formar lavouras para abastecimento dos bandeirantes, um dos membros da bandeira, por nome de Francisco Chagas de Assis, se deslocou ao sul da serra de Jaraguá e localizou terras próprias para a agricultura e pecuária, no qual ele denominou de Furado, onde hoje se situa a fazenda Cachoeira de Santo Antonio, onde ele fundou a sua propriedade e mais ao largo construiu a Capela perto de uma nascente, onde se rezavam os terços periodicamente; este fato fez surgir rapidamente um aglomerado de casas, onde hoje localiza a Praça Jacinto Barbosa: ainda no século XVIII, foi construída uma Igreja com paredes de taipa, altares de madeira entalhadas e com pinturas policromadas. É desta época a imagem de madeira de São Francisco, que ainda hoje se mantém com todo o esplendor de suas características barrocas na Igreja Matriz de São Francisco.
Em 1850, foram doados para a Paróquia, aproximadamente 80 alqueires de terra, onde se situa a cidade para que assim pudesse o então Arraial de Chagas progredir e se tornar cidade independente.
Perde-se no tempo a época em que a cidade foi elevada a Distrito, no entanto há registro de atividades do Cartório de Registro Civil, em janeiro de 1889, quando reinava no Brasil, o Imperador Pedro II.
A cidade de São Francisco teve o seu primeiro impulso de desenvolvimento entre os anos de 1870 e 1900, graças aos esforços dos Coronéis Jacinto Barbosa e Feliciano Leite Borges, ilustres filhos desta terra que dedicaram suas vidas na luta pelo desenvolvimento de São Francisco.
São Francisco teve a sua independência política consagrada por Lei Estadual n° 768, de 8 de setembro de 1953, sendo esta a data em que se comemora o aniversário da cidade. O responsável pela aprovação do projeto de emancipação foi o Deputado Clodovel Alves de Castro.
